Dès ses débuts, l´Église néo-apostolique s´est définie comme étant une Église du ministère : elle est une Église dirigée par l´apostolat.
C´est de l´apostolat que procèdent tous les autres ministères. L´article 5 de la confession de foi dit, à ce sujet :
« Je crois que ceux que Dieu a choisis pour exercer un ministère en sont investis uniquement par des apôtres, et que, de l´apostolat, procèdent le pouvoir, la bénédiction et la sanctification nécessaires à l´exercice de leur ministère. »
Au sein de l´Église néo-apostolique, il existe actuellement trois niveaux ministériels ayant des compétences spirituelles distinctes :
Le ministère apostolique
apôtre-patriarche, apôtre de district, apôtre ;
Le ministère sacerdotal
évêque, ancien de district, évangéliste de district, berger, évangéliste de communauté, prêtre ;
Le ministère diaconal
diacre et sous-diacre.